在食品工業(yè)中生物表面活性劑可作為食品添加劑。卵磷脂和它的衍生物、含甘油的脂肪脂、山梨聚糖、乙烯乙二醇、甘油單酸酯的衍生物，以及近來合成的低聚肽，都在食品工業(yè)中廣泛用作乳化劑。乳化劑不僅在分散中發(fā)揮作用，也對產(chǎn)品形成合適的粘度和質(zhì)地有很大作用。

表面活性物質(zhì)也應(yīng)用于大麥和肉制品中，它們能影響面粉的流變特性，乳化部分破碎的脂肪組織；一種由產(chǎn)朊假絲酵母（Candida utilis）產(chǎn)生的新的生物乳化劑在色拉調(diào)味上有潛在的應(yīng)用價值；Busscher等發(fā)現(xiàn)牛乳嗜熱鏈球菌產(chǎn)生的表面活性劑可阻止產(chǎn)異味的嗜熱鏈球菌增殖，因而可用于巴氏滅菌器熱交換板中異味的控制；蔗糖酯可應(yīng)用于冷凍飲料、七克力、糖果、糕點、面包、蛋糕等中。

生物表面活性劑符合功能性食品和綠色食品添加劑的要求，可應(yīng)用在功能性食品中，在人類崇尚健康至上的今天乃至將來，必將成為一種廣泛應(yīng)用的食品添加劑。用生物表面活性劑修復(fù)被烴類和原油污染的土壤是一種新技術(shù)。如用綠膿假單孢菌產(chǎn)生的鼠李清除了阿拉斯加砂礫層的大量的油。VanDyke等發(fā)現(xiàn)，從污染的砂土和泥漿中，用綠膿假單孢菌產(chǎn)生的鼠李糖脂可使烴類的回收率分別提高25%~70%和40%~80%。相似的，用綠膿假單孢菌產(chǎn)生的生物表面活性劑處理砂土，可分別使脂肪旋烴類和芳香族烴類的回收率達(dá)56%和73%。 

生物表面活性劑也可乳化烴類和水的混合液，這個特性可顯著增加烴類的降解，有在漏油管理的潛在應(yīng)用價值。人們已從水中分離到能降解碳?xì)浠衔锏奈⑸铮恒~綠假單孢菌（Pseudomonas aeruginasa）SB30產(chǎn)的一種乳化劑能迅速將油分散為小滴，可在海灘除污中有所作為；Dave等近來發(fā)現(xiàn)，石油化學(xué)工業(yè)漏出的油對土壤的污染，能用可降解烴類的微生物來進(jìn)行生物修復(fù)；Deziel等報道了綠膿假單孢菌19SJ可通過利用多環(huán)芳香族烴類產(chǎn)生生物表面活性劑。

生物表面活性劑也可用在污染有鈾、鉻和鉛等毒性重金屬的地點進(jìn)行生物修復(fù)。生物表面活性劑還有抗生素作用和在白細(xì)胞中抑制人類免疫缺陷病毒生長的作用；紅串紅球菌產(chǎn)生的琥珀酰-海藻糖脂可抑制皰疹病毒和流行性感冒病毒。

磷脂系生物表面活性劑已廣泛用做醫(yī)藥乳化劑，肺表面活性劑是呼吸所必須的成分，許多嬰幼兒很小時因體內(nèi)缺乏這種表面活性劑導(dǎo)致呼吸困難甚至夭折；肺蛋白無性繁殖的成功為這一表面活性劑在醫(yī)療領(lǐng)域的大規(guī)模生產(chǎn)應(yīng)用提供了可能。